Que sont les «soupes variantes» COVID et pourquoi elles pourraient provoquer des vagues de contagion imprévisibles

Ómicron continue de dominer dans les cas de COVID-19 aujourd'hui. Mais leurs sous-lignées défient les scientifiques (Getty Images)

La variante Omicron du problème des coronavirus est toujours dominante dans le monde. Mais ses sous- lignées mettent les scientifiques au défi de comprendre comment le virus continuera d'évoluer . C'est que alors que certains parlent d'"essaim" de sous-variantes ; d'autres l'appellent "soupe" de sous-variantes . De plus, même le célèbre scientifique américain Peter Hotez les mentionne comme des sous-lignées de « Scrabble », car ils contiennent des lettres comme X et Q qui obtiennent des scores élevés dans le jeu.

La vérité est que les sous-lignées sont des ramifications des sous-variantes BA.2, BA.4 et BA.5 d'Ómicron et sont plus capables d'éviter l'immunité donnée par une infection antérieure ou par des vaccins. Mais la vaccination protège aussi des cas graves (surtout si vous avez des renforts). Alors que la diversité prévaut , il devient désormais plus difficile de prévoir les prochaines vagues de la pandémie . Elle pourrait même donner lieu à une « double vague » à certains endroits, une sous-variante puis une autre envahissant une population.

En Europe, en Amérique du Nord et en Afrique, la prévalence des sous-lignées Omicron dans la famille BQ.1 augmente rapidement ; même si la tendance des cas confirmés de COVID-19 semble ralentir. Dans des pays asiatiques comme Singapour, le Bangladesh et l'Inde, une lignée baptisée XBB a déjà déclenché de nouvelles vagues d'infection.

La sous-lignée Omicron BQ.1 est la plus répandue en Europe, en Amérique du Nord et en Afrique. REUTERS/Andrew Kelly

En Argentine, BQ.1 et XBB ont déjà été détectés. Comme l'a dit à Infobae le Dr Mariana Viegas, chercheuse à Conicet et à l'hôpital pour enfants Ricardo Gutiérrez, « sur un total de 19 échantillons séquencés de patients atteints de COVID-19, 9 correspondaient à Ómicron BA.4.6. Nous avons détecté un cas de BQ1.1 et un cas de XBB.1. Les 8 échantillons restants sont issus de BA.5. Ces résultats ont leurs limites : comme peu de tests sont réalisés, il existe aujourd'hui un nombre limité d'échantillons exploitables pour l'analyse. Les patients avaient été diagnostiqués entre la deuxième quinzaine de septembre et le premier octobre dans la ville de Buenos Aires ». Viegas est coordinateur de Proyecto País , le consortium du ministère de la Science, de la Technologie et de l'Innovation pour surveiller le virus.

Les scientifiques du monde entier surveillent de près les différentes régions où les deux lignées circulent pour voir laquelle a le dessus. "Au final, certaines variantes vont probablement dominer, mais c'est moins décisif que par le passé ", a déclaré Cornelius Roemer, biologiste computationnel à l' Université de Bâle, en Suisse , en dialogue avec le magazine. Nature .

Les variantes qui ont conduit les vagues précédentes, telles que Alpha et Delta, sont toutes issues de différentes branches de l'arbre généalogique du coronavirus SARS-CoV-2. Mais depuis qu'Omicron est apparu fin 2021, il a engendré un certain nombre de sous-variantes , telles que BA.2 et BA.5, provoquant des vagues d'infection dans le monde entier. De nombreux pays ont abandonné leurs vagues BA.5 à la mi-2022, mais la plupart des scientifiques pensaient que ce n'était qu'une question de temps avant qu'une autre sous-lignée n'apparaisse.

Les sous-lignées BQ.1 et XBB ont déjà été détectées en Argentine / EFE/Enrique García Medina

Ces derniers mois, les chercheurs ont parcouru les données de séquençage du SRAS-CoV-2 dans le monde pour identifier les candidats. Mais au lieu d'une ou deux lignées émergeant rapidement, ils en ont identifié plus d'une douzaine à surveiller. Yunlong Richard Cao, immunologiste à l'Université de Pékin, a étudié la capacité d'évasion immunitaire des variantes.

La montée en puissance de sous-lignées spécifiques d'Omicron semble être due à une poignée de mutations génétiques partagées. Ces mutations entraînent des modifications des acides aminés dans une partie de la protéine de pointe virale appelée domaine de liaison au récepteur (RBD). Cette partie de la protéine est nécessaire pour infecter les cellules et est la cible d'anticorps qui fournissent une puissante réponse immunitaire.

Le travail – toujours en attente d'un examen par les pairs – a été réalisé par l'équipe de Cao, qui a suggéré que des mutations dans le RBD aident le virus à échapper aux anticorps "neutralisants" bloquant l'infection qui ont été déclenchés par les vaccins COVID-19 et par une infection antérieure (y compris Ómicron BA .2 et BA.5).

En Chine, Yunlong Richard Cao, immunologiste à l'Université de Pékin, a étudié la capacité d'évasion immunitaire des sous-lignées de la variante Omicron (Getty Images)

Le Dr Roemer et ses collègues ont observé que plus une variante possède de changements RBD, plus elle semble se développer rapidement , sur la base du nombre de séquences signalées aux bases de données mondiales. Par exemple, les variantes, telles que BQ.1, avec cinq modifications RBD clés (par rapport à BA.2) semblent augmenter en nombre à un rythme plus lent que les variantes avec six modifications. Le descendant de BQ.1, appelé BQ.1.1, a six de ces changements et augmente rapidement en Europe, en Amérique du Nord et ailleurs.

Un septième changement dans le RBD semble conduire à une croissance encore plus rapide. Bien que les scientifiques avertissent que les estimations sont approximatives, surtout lorsque le nombre de séquences enregistrées est faible. La principale variante de "niveau 7" que les scientifiques suivent est le XBB. Il s'agit d'un hybride ou d'une recombinaison de deux sous-lignées Omicron, toutes deux issues de BA.2.

De l'essaim, BQ.1.1 et XBB semblent monter au sommet. La famille BQ.1 est déjà dominante en France et est susceptible de provoquer des vagues d'infection en Europe et en Amérique du Nord à l'entrée de l'hiver dans ces régions. C'est également un ingrédient courant de la variante de la soupe en Afrique du Sud, au Nigeria et dans d'autres endroits d'Afrique. XBB , en revanche, semble sur le point de dominer les infections en Asie, où il a récemment provoqué une vague d'infections à Singapour.

La sous-lignée XBB a alimenté une vague de COVID-19 à Singapour. EFE/EPA/WALLACE WOON

Les chercheurs surveillent également les pays où BQ.1.1 et XBB co-circulent, pour voir lequel se propage le plus rapidement. En Australie, certains signes indiquent que XBB prend le dessus, a noté Roemer. Cela se produirait également en Inde, selon Rajesh Karyakarte, microbiologiste au BJ Government Medical College de Pune, qui coordonne le séquençage génétique du SRAS-CoV-2 dans l'État du Maharashtra. « Nous serons en mesure de dire lequel survit ici. Nous soupçonnons que c'est le XBB », a-t-il ajouté.

L'avantage de XBB sur la famille BQ.1 pourrait être dû en partie à des changements en dehors du RBD de Spike , selon le Dr Cao. La variante a également des mutations dans une partie du génome qui code pour une région de la protéine de pointe appelée domaine N-terminal (NTD). Notre système immunitaire cible également cette partie du Spike avec des anticorps neutralisants, et les personnes qui se sont remises des infections BA.2 et BA.5 développent des réponses immunitaires particulièrement fortes contre les MTN , selon les données préliminaires du laboratoire de Cao.

La capacité de XBB à échapper aux anticorps dirigés contre les MTN pourrait lui permettre d'infecter des personnes immunisées contre BQ.1 et ses proches, a déclaré Cao. Cependant, "BQ.1 acquiert des mutations DNT très rapidement", a-t-il déclaré. De tels ajouts améliorent sensiblement la capacité de ces variants à échapper aux anticorps neutralisants générés par la vaccination et une infection antérieure. Il est possible que BQ.1.1 provoque un pic de cas, seulement pour que XBB le dépasse par endroits, a estimé Roemer. "S'il s'avère que XBB finira par dominer à l'échelle mondiale, nous pourrions assister à une sorte de double vague en Europe et en Amérique du Nord", a-t-il déclaré.

En Inde, une étude a été réalisée auprès de 28 personnes atteintes de COVID-19 avec la sous-lignée XBB. Ils n'ont présenté aucun symptôme grave/REUTERS/Anushree Fadnavis

Un facteur déterminant sera la mesure dans laquelle l'infection par les lignées BQ.1 protège contre XBB. L'équipe de Cao travaille sur cet aspect. "J'ai l'impression que si vous êtes infecté par BQ.1, vous pourriez avoir une certaine protection contre XBB. Nous n'avons toujours pas de données", a-t-il reconnu. Qu'elles soient provoquées par XBB, BQ.1.1 ou un autre membre de l'essaim, de grandes vagues d'infection peuvent perturber la société, et même des infections bénignes peuvent avoir des effets durables sur la santé. Mais les chercheurs surveillent surtout si les vagues à venir provoquent un nombre élevé d'hospitalisations et de décès.

Dans une autre étude portant sur 28 personnes atteintes de COVID-19 avec la sous-lignée XBB en Inde, l'équipe de Karyakarte a découvert qu'aucune ne présentait de symptômes graves. D'autres collègues du Bangladesh rapportent avoir trouvé des schémas similaires. Singapour a connu une légère augmentation des hospitalisations et des décès liés au COVID-19 au cours de sa vague XBB, mais ces effets graves ont été moins importants que lors des vagues précédentes. Cependant, des facteurs tels que la saisonnalité - le temps hivernal dans l'hémisphère nord peut donner un coup de pouce à la circulation du SRAS-CoV-2 -, les vagues précédentes et la politique signifient que l'expérience de Singapour ne peut pas prédire ce qui attend les autres pays", a déclaré Roemer. Ce n'est probablement pas un modèle de ce qui va se passer."

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