L'ensemble des circonstances entourant l'apparition du SRAS-CoV-2

Image d'archive du personnel de sécurité gardant l'extérieur de l'Institut de virologie de Wuhan lors de la visite de l'équipe de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) chargée d'enquêter sur les origines du COVID-19, à Wuhan, dans la province du Hubei, en Chine. 3 février 2021. REUTERS/Thomas Peter/File

L'ensemble de la preuve est plus que la somme de ses parties.

Supposons que vous soyez un détective et que vous découvriez une lettre proposant de commettre un meurtre avec une balle en argent dans une pièce très spécifique d'un bâtiment très spécifique. Vous allez dans cette pièce et trouvez un corps avec une balle en argent à l'intérieur. À côté du corps se trouve une arme à feu avec des empreintes digitales dessus. Il n'est pas difficile d'en déduire qu'un meurtre a eu lieu et que le principal suspect est peut-être celui qui a écrit la lettre . Il n'est pas nécessaire que l'arme fume pour avoir une cause probable qu'un crime a été commis.

Nous avons devant nous un cas avec des preuves similaires sur l'origine du SRAS-CoV-2.

J'ai commencé avec une forte tendance à la zoonose. J'ai étudié la propagation des agents pathogènes de la faune aux humains pendant des années avant le COVID, la propagation des agents pathogènes est courante, donc pendant une grande partie de la pandémie, j'ai gardé l'esprit ouvert sur une origine de laboratoire, mais je suis resté fermement attaché à ma croyance antérieure d'une origine zoonotique . Cependant, alors que j'examinais la totalité des preuves, en particulier à mesure que de nouvelles preuves apparaissaient, j'ai commencé à voir que l'ensemble des preuves soutenant une origine en laboratoire du SRAS-CoV-2 est accablant, bien plus que la majorité ne le croit . La totalité des preuves m'a fait complètement changer d'avis.

En discutant de ce sujet avec des amis très intelligents, j'ai réalisé que la plupart des gens ne sont pas pleinement conscients de la totalité des circonstances et de la force avec laquelle cet ensemble de preuves suggère que le SRAS-CoV-2 est issu d'un laboratoire. Cet article portera sur les preuves qui m'ont fait changer d'avis. Je suis un biologiste quantitatif avec un œil pour les paris, et il existe des méthodes déductives et des astuces probabilistes que j'utilise pour affiner mes propres estimations et affiner ma propre compréhension. J'ai pensé écrire un article formel sur ces astuces probabilistes (réseaux de Bayes, application intelligente de probabilités conditionnelles plutôt qu'inconditionnelles, le tout pour obtenir des facteurs de Bayes écrasants à l'appui d'une origine de laboratoire), mais j'ai réalisé que quiconque pourrait comprendre ce jargon mathématique serait probablement partage déjà mes convictions, pourvu qu'il connaisse toutes les preuves disponibles. Ces tests doivent être popularisés car ils fournissent une cause probable pour une origine en laboratoire d'un virus qui a tué un million d'Américains , et l'établissement de la cause probable peut nous permettre d'obtenir les derniers éléments de preuve dont nous avons besoin pour comprendre pleinement ce qui s'est passé. Cette version popularisée de mon raisonnement bayésien est écrite comme si j'expliquais les preuves à un juge ou à un jury.

Dans les cycles d'actualités rapides et la capacité d'attention de 240 caractères de notre société, nous limitons souvent notre attention à un seul élément de preuve à la fois. Nous avons discuté intensément de ce test scandaleux de la journée, nous sommes arrivés à une opinion ferme, puis nous sommes passés à autre chose. Ce faisant, nous avançons souvent trop rapidement, traitant chaque argument comme s'il était séparé et, dans notre courte durée d'attention et nos croyances enracinées, nous ne voyons pas la vue d'ensemble de la façon dont plusieurs éléments de preuve se combinent pour produire un ensemble de preuves plus solide. .. que la somme des parties, un corps de preuves qui dans son intégralité devrait changer nos croyances.

La meilleure analogie à laquelle je puisse penser pour avoir une vue d'ensemble est de regarder la photomosaïque ci-dessous. Si vous regardez attentivement une photo, vous verrez des bâtiments, des personnes, des panneaux, des incendies et d'autres photos apparemment sans rapport. Toute photo dans une photomosaïque est relativement dénuée de sens en soi. Une théorie pourrait regarder la photomosaïque et dire que toutes les photos sont indépendantes et aléatoires et se demander si ces photos sont liées. Une autre théorie dira que nous devons voir la totalité des preuves pour parvenir à la bonne conclusion sur les photos et leur signification. Lorsque l'on zoome pour voir la grande image, il est clair que ces photos ont été assemblées de manière ordonnée et cohérente pour donner l'image de Vladimir Poutine. La première théorie incite à ne pas voir la ressemblance de Vladimir Poutine dans la figure ci-dessous, tandis que l'autre théorie en déduit que ces photos sont liées, que l'ensemble de la preuve est supérieur à la somme de ses parties.

Quelle théorie croyez-vous?

Photomosaïque de Vladimir Poutine

Les preuves

Voici les photos les plus importantes de notre photomosaïque des origines du SRAS-CoV-2, les éléments de preuve les plus importants qui, selon moi, doivent être considérés ensemble car les liens entre ces éléments de preuve sont eux-mêmes des éléments de preuve.

Des preuves supplémentaires existent et nous pouvons discuter pendant des jours de chaque petit morceau, tout comme quelqu'un pourrait montrer une photo d'un incendie dans l'image de Poutine ci-dessus et dire : "Poutine n'a pas de feu sur la joue, c'est donc un théoricien du complot. " voir la photomosaïque comme Poutine. " Je me concentre sur ces quatre principaux tests énumérés ci-dessus car ce sont les tests les plus critiques dont le corps est supérieur à la somme de ses parties. En discutant avec mes amis et ma famille au cours des deux dernières semaines, j'ai réalisé que ces quatre tests, leurs implications et leurs liens les uns avec les autres, ne sont pas communément connus. Le magistrat et les jurés doivent se familiariser avec ces quatre pièces à conviction et l'histoire qui en découle.

Avant de continuer, il y a quelques tests supplémentaires à essayer. Les théories sur l'origine zoonotique du SRAS-CoV-2 indiquent l'existence de deux lignées majeures à la base de l'arbre évolutif du SRAS-CoV-2 et considèrent ces lignées comme la preuve de deux événements de propagation. Cependant, il existe de nombreuses façons de générer de grandes lignées dans un arbre évolutif, et les deux grandes lignées à la base de l'arbre SARS-CoV-2 sont des preuves beaucoup plus probables de la recherche des contacts et de deux événements de super-propagation, comme un seul sur le marché humide. et un ailleurs. Un autre élément de preuve souvent promu par les théoriciens de l'origine zoonotique est le regroupement de certains des premiers cas autour du marché des fruits de mer de Huanan (Wuhan) , les amenant à conclure que le marché était l'épicentre de la pandémie de SRAS-CoV-deux. Cependant, ces cas de marché ne sont pas les premiers. Les cas précédents n'avaient aucun lien avec le marché, et les cas du marché ont été déterminés par contact et localisation, biaisant considérablement notre détermination à produire un ensemble de preuves dans les zones de Wuhan où les gens recherchaient des cas d'infection. Si je trouve du poisson dans un trou et que je pêche un peu plus dans ce trou et que j'attrape plus de poisson, j'ai tort de conclure que tous les poissons proviennent de ce trou. Si je trouve des pièces sous un lampadaire, cela ne veut pas dire qu'il n'y a pas de pièces ailleurs.

Les quatre éléments de preuve les plus importants qui m'ont fait changer d'avis sur une origine zoonotique en une origine de laboratoire sont les quatre énumérés ici : la subvention DEFUSE, l'émergence de Wuhan, le site de clivage de la furine et la carte de restriction SARS-CoV -2 .

Voici pourquoi:

La subvention DEFUSE

Avant la pandémie de COVID-19, je travaillais avec une équipe financée par le DARPA PREEMPT. Nous avons étudié les hénipavirus, tels que Nipah et Hendra, dans le but d'empêcher la propagation d'agents pathogènes pour éviter les pandémies. L'un des principaux objectifs de la recherche dans ce domaine était de comprendre si certaines souches virales étaient plus susceptibles d'émerger que d'autres, en étudiant les relations dites « génotype-phénotype ». Quels génotypes viraux ont le phénotype d'infectivité humaine le plus élevé ?

Les études de génotype à phénotype les moins risquées qui peuvent être réalisées consistent à trouver un virus sauvage, à séquencer son génome et à tester son phénotype en laboratoire (liaison au récepteur, entrée cellulaire, réplication, infectivité, létalité, etc. ). Cependant, il faut beaucoup d'efforts pour trouver des virus dans la nature, et la diversité des virus capturés dans la nature est une goutte d'eau dans l'océan des possibilités évolutives. L'analyse des génotypes des virus de type sauvage nous donne une image très limitée de l'espace des virus potentiels et des génotypes qui pourraient être plus à risque de provoquer une pandémie. Par conséquent, la tentation est manifeste de créer de nouveaux virus, tels que des virus chimériques ou des virus transmis dans les cellules humaines. Si nous rendions un virus plus capable d'infecter les gens, il pourrait révéler l'essence des virus infectieux pour les humains et nous aider à préparer des vaccins avant qu'une pandémie ne se produise. C'est le chant des sirènes de la grandeur, de sauver des vies en devançant les pandémies, ce qui peut inciter les virologues à ouvrir la boîte de Pandore. Concevez et faites évoluer un nouveau virus capable de pandémique pour créer un vaccin contre le virus avant qu'il ne provoque une pandémie, et vous pourriez gagner un prix Nobel... tant que rien ne va mal.

Fin mars 2018, l'EcoHealth Alliance, l'Institut de virologie de Wuhan (WIV) et d'autres partenaires ont soumis la proposition DEFUSE au programme PREEMPT de la DARPA. Dans leur proposition DEFUSE, cette collaboration internationale proposait d'échantillonner des coronavirus de chauves-souris, d'assembler des virus en laboratoire à l'aide de la technologie des clones infectieux, de développer des protéines de pointe chimériques recombinantes, dont certaines avec un site de clivage Furin, et de tester celles-ci pour l'infectiosité des virus chimériques chez les chauves-souris à l'Institut de virologie de Wuhan. Trouver, concevoir et faire évoluer des virus infectieux pour l'homme capables de provoquer une pandémie, développer un vaccin contre eux et prévenir une pandémie... tant que tout va bien .

Pour étudier les relations génotype-phénotype dans les coronavirus, EcoHealth a proposé de créer de nouveaux coronavirus chimériques au WIV. Ils ont proposé d'échanger les protéines Spike en utilisant des clones infectieux de virus apparentés et d'insérer des sites de clivage Furin.

"... nous introduirons des sites de clivage spécifiques à l'homme et évaluerons le potentiel de croissance dans les cultures de cellules Vero et HAE (épithéliales des voies respiratoires humaines)."

La recherche proposée aurait lieu à l'Institut de virologie de Wuhan.

La proposition DEFUSE n'a pas été acceptée, car la DARPA voyait de grands risques que les virus recombinants proposés puissent acquérir des fonctions telles qu'une infectivité ou une létalité accrue chez l'homme. Cependant, la subvention révèle le désir clair de ce groupe de mener de telles recherches et son intention de fabriquer un ensemble très inhabituel de coronavirus du SRAS qui ne se trouve pas dans la nature. Bien que leurs intentions n'aient pas été financées par la DARPA, la recherche proposée est relativement bon marché, et EcoHealth et l'Institut de virologie de Wuhan ont reçu des fonds d'autres sources qui pourraient financer leurs travaux proposés. Ses sources de financement alternatives incluent une subvention de biodéfense du NIAID qui propose des chimères de gène S extrêmement similaires fabriquées avec des clones infectieux. En fait, la subvention du NIAID a été citée comme source de financement dans la construction d'un nouveau clone infectieux à l'Institut de virologie de Wuhan, rWIV1. La subvention DEFUSE a proposé de fabriquer des clones infectieux avec des gènes chimériques de Spike, le coronavirus du SRAS avec des sites de clivage de la furine, le tout à l'Institut de virologie de Wuhan.

Les motifs et les intentions de créer un tel virus ne sont pas morts avec le rejet de DEFUSE. Bien que non financées par la DARPA, des propositions de recherche similaires ont été financées par le NIAID et d'autres avant et pendant l'émergence du SRAS-CoV-2, et peuvent facilement avoir fourni un financement discrétionnaire suffisant pour soutenir la recherche peu coûteuse proposée dans DEFUSE. La subvention DEFUSE est la carte qui propose le crime : capturer des coronavirus de chauves-souris sauvages, les expédier à Wuhan, assembler des clones infectieux in vitro avec une méthode spécifique, échanger des gènes Spike et ajouter des sites de clivage Furin, le tout pour trouver un coronavirus extrêmement infectieux pour humains contre lesquels on pourrait produire des vaccins.

wuhan

Le SRAS-CoV-2 est apparu à Wuhan fin 2019.

Wuhan n'est pas l'endroit où les chercheurs étudiant la propagation des agents pathogènes s'attendraient à ce que des coronavirus émergent. Une étude récente de l'EcoHealth Alliance et des membres de l'Institut de virologie de Wuhan a estimé le risque de propagation du coronavirus du SRAS à l'aide de données sur les réservoirs de coronavirus de la faune, où vivent ces réservoirs, où vivent les humains et où les gens ont des preuves d'exposition au coronavirus du SRAS. dans ton sang. Ils dérivent la carte suivante de (a) la richesse en espèces de chauves-souris et (b) l'intensité relative du chevauchement chauve-souris-humain à travers l'Asie du Sud-Est.

alexwasburne

Vous trouverez ci-dessous la carte superposée des chauves-souris et des humains, avec Wuhan indiqué.

infobae

La gamme estimée de coronavirus de chauve-souris s'étend à travers l'Asie du Sud-Est, de l'Inde à l'Indonésie, avec des points chauds estimés de chevauchement entre les chauves-souris et les humains au Laos, au Vietnam et dans la province du Yunnan, en Chine. La distance entre Wuhan et le hotspot de chevauchement chauve-souris-homme du Yunnan est d'environ 1 000 kilomètres, soit à peu près la distance entre New York et Miami . Bien qu'une attaque d'alligator puisse se produire à New York, je pense qu'il est plus probable qu'elle se produise en Floride.

L'écologie des animaux et la répartition des humains signifient que les interactions entre les humains et les animaux ont des schémas géographiques très réguliers, ce qui conduit à des attentes très claires quant à l'endroit où ces interactions sont susceptibles de se produire. De même, ils nous aident à identifier des événements très inhabituels. Si une personne était attaquée par un hippopotame en Afrique, elle pourrait s'attendre à ce que l'hippopotame soit sauvage, alors que si une personne était attaquée par un hippopotame à New York, elle pourrait s'attendre à ce que l'hippopotame soit dans un zoo. La même logique s'applique aux interactions entre les humains et les chauves-souris qui conduisent à la propagation du sarbecovirus.

Bien que le nombre réel de cas de propagation de coronavirus fasse l'objet d'un débat, la carte ci-dessus montre une estimation juste de l'endroit où les coronavirus sont susceptibles de se propager des chauves-souris aux humains. Wuhan est un petit point sur une grande carte des possibilités de propagation naturelle. Si vous deviez dessiner un événement aléatoire de propagation du coronavirus du SRAS, il n'y a presque aucune probabilité qu'il se produise à Wuhan.

Étant donné que Wuhan est un lieu si improbable de chevauchement entre les chauves-souris et les humains, l'hypothèse de l'origine zoonotique repose entièrement sur le marché des fruits de mer de Huanan et le commerce des animaux en général comme source d'animaux à partir desquels la zoonose s'est produite. . En fait, on pense que le commerce des animaux est responsable de l'épidémie de SRAS de 2002. Un groupe de cas de COVID-19 de fin décembre 2019 était centré autour du marché de Huanan, mais il y avait des rapports crédibles de cas antérieurs qui remontent à la mi-novembre 2019 sans lien avec le marché humide, et contrairement à tous les événements naturels de SRAS ou de MERS, le réservoir n'a pas été trouvé. De plus, l'ancêtre commun le plus récent des souches de SRAS-CoV-2 circulant à Wuhan remonte à octobre-novembre 2019, ce qui suggère que le groupe de cas autour du marché humide fin décembre 2019 est peu probable que 2019 représente les premiers cas et est très probablement causé par un événement de grande propagation parmi les humains.

Pour être clair, le commerce des animaux peut provoquer des épidémies. Cependant, les épidémies de commerce d'animaux sont très différentes de l'apparition du SARS-CoV-2. On pense généralement (par moi aussi) que le SRAS-CoV-1 est originaire d'une civette. L'épidémie de SRAS-CoV-1 dans le commerce des animaux a laissé une trace de cas dans la province du Guangdong illustrée dans la figure ci-dessous dans cet article. Bien que le commerce des animaux et le marché de Huanan soient proposés comme des origines proches du SRAS-CoV-2 selon la théorie zoonotique, les premiers cas n'ont peut-être pas été associés au marché des fruits de mer et le SRAS-CoV-2 n'a pas d'empreinte géographique. expérience antérieure avec des épidémies de SRAS-CoV causées par des réseaux de commerce d'animaux.

alexwasburne

En bref, Wuhan n'est pas un point chaud de chevauchement entre les chauves-souris et les humains, et il n'y a pas non plus de signes d'une épidémie plus large dans les réseaux de commerce d'animaux. Prises ensemble, ces preuves géographiques font de Wuhan un endroit hautement improbable pour une zoonose à coronavirus.

Cependant, Wuhan est un centre mondial de recherche sur les coronavirus et le chercheur principal sur les coronavirus au WIV, Shi Zheng-Li, était un PI sur la proposition DEFUSE. Après l'épidémie de SRAS-CoV-1 en 2002, il y a eu 6 autres épidémies de SRAS documentées, dont deux à Pékin, et toutes causées par des accidents de laboratoire. Les accidents de laboratoire sont beaucoup plus fréquents que ne le pensent de nombreux membres du public . Même sans la proposition DEFUSE, l'apparition du SARS-CoV-2 à Wuhan avec un schéma géographique incompatible avec l'apparition dans le commerce des animaux devrait faire pencher la balance vers une origine de laboratoire. Avec la proposition DEFUSE et la théorie de l'origine en laboratoire, nous pourrions en outre émettre l'hypothèse que le virus qui a émergé à Wuhan présente des caractéristiques génomiques inhabituelles typiques d'une origine en laboratoire.

La recherche sur les coronavirus à l'Institut de virologie de Wuhan comprenait la fabrication de coronavirus recombinants tels que rWIV1, l'échange de gènes de pointe pour évaluer l'infectivité humaine de nouveaux coronavirus de chauve-souris importés du Laos, du Vietnam et de la province du Yunnan. Les principaux chercheurs sur les coronavirus de l'Institut de virologie de Wuhan ont proposé d'insérer un site de clivage Furin dans un coronavirus du SRAS. Selon une théorie d'origine de laboratoire, nous pourrions alors nous attendre à ce que le SRAS-CoV-2 apparaisse comme un coronavirus chimérique avec un gène de pointe inhabituel, et peut-être même un site de clivage de la furine comme proposé dans DEFUSE.

Le site de clivage de la furine

Le SRAS-CoV-2 possède un site de clivage de la furine (FCS) et est le seul coronavirus du SRAS à en posséder un. Les sites de clivage de la furine ne sont pas courants. Avant le SRAS-CoV-2, nous avions découvert autant de sites de clivage de la furine dans les coronavirus du SRAS que de primates ailés ou de manchots volants : zéro. D'autres mammifères ont des ailes (chauves-souris) et d'autres oiseaux volent, mais les lignées d'intérêt n'en ont pas. De même, malgré un échantillonnage approfondi de la faune, les coronavirus du SRAS n'étaient pas connus pour avoir des sites de clivage de la furine. Le FCS exact du SRAS-CoV-2 ne se trouve dans aucun autre coronavirus et, en fait, contient des séquences d'ARN spécifiques -CGG CGG- qui sont presque inexistantes chez les chauves-souris mais sont optimisées pour l'homme. Non seulement ils sont absents dans d'autres coronavirus du SRAS, mais ce FCS spécifique est particulièrement anormal dans son optimisation pour l'homme. D'un point de vue évolutif, le FCS est une anomalie massive dans la nature, mais c'est exactement ce qui a été proposé dans la subvention DEFUSE.

Rappelons le langage de la subvention DEFUSE :

"... nous introduirons des sites de clivage spécifiques à l'homme et évaluerons le potentiel de croissance dans les cultures de cellules Vero et HAE (épithéliales des voies respiratoires humaines)."

L'anomalie évolutive de FCS devrait coller avec le lecteur, donc je vais le répéter ici. Le SARS-CoV-2 FCS est le premier FCS de tout coronavirus du SRAS . Il s'agit d'un site de clivage rare et spécifique à l'homme dans ce qui est par ailleurs une lignée de coronavirus de chauve-souris. Le SARS-CoV-2 FCS n'a pas un, mais deux codons CGG adaptés à l'homme et imite une protéine particulière (ENaC) trouvée chez l'homme.

Nous avons échantillonné de nombreux coronavirus au cours des dernières décennies. Pas un seul coronavirus du SRAS n'a eu de SCA. L'ensemble de l'arbre évolutif des coronavirus du SRAS s'étend sur des centaines à des milliers d'années d'évolution virale, l'équivalent de millions d'années de temps d'évolution chez l'homme, et dans toute cette évolution naturelle, aucun SFC n'a été trouvé avant le SRAS -CoV-2. La branche séparant le SRAS-CoV-2 de son plus proche parent couvre une brève évolution d'environ 19 ans, soit environ 0,6 % de l'arbre évolutif du coronavirus du SRAS. Des centaines ou des milliers d'années d'évolution n'ont pas produit de FCS jusqu'à ce que soudainement, moins de deux ans après la proposition de la subvention DEFUSE, un site de clivage Furin spécifique à l'homme optimisé en codons soit apparu dans un coronavirus du SRAS à Wuhan pour les humains, exactement comme proposé dans DÉSAMORCER.

En el contexto de la subvención DEFUSE y de una aparición en Wuhan que carece de la huella geográfica de un brote de comercio animal, el FCS específico para humanos del SARS-CoV-2 no es una prueba independiente con una probabilidad incuantificable de que se produzca dans la nature. Appeler le premier SCA d'un sarbecovirus un test indépendant reviendrait à appeler une balle en argent indépendante à la fois de l'arme et de la lettre proposant d'utiliser une balle en argent dans cette même arme. Selon la théorie de l'origine zoonotique, le FCS est un événement de probabilité étonnamment faible qui est indépendant de l'origine de Wuhan et indépendant de la subvention DEFUSE . Selon la théorie la plus convaincante de l'origine en laboratoire, ces éléments de preuve sont tous dépendants, étant si clairement liés à un programme de recherche bien défini.

Existe-t-il d'autres tests qui peuvent corroborer la théorie de l'origine en laboratoire ?

Jusqu'à récemment, tout ce que nous avions était la subvention DEFUSE, l'origine de Wuhan, le FCS très suspect et le comportement inhabituel des chercheurs en question et de ceux qui les ont financés. Il semblait que la question de l'origine du SRAS-CoV-2 était dans une impasse.

Ci-dessous, nous examinons de plus près les méthodes d'assemblage viral proposées par la subvention DEFUSE.

La carte de restriction BsaI/BsmBI

La subvention DEFUSE a proposé de fabriquer des coronavirus chimériques avec des sites de clivage de la furine sur leur protéine de pointe. Le moyen le plus simple d'insérer un site de clivage de la furine et de fabriquer des coronavirus chimériques consisterait à assembler un clone d'ADN. Il existe un moyen extrêmement courant d'assembler un clone d'ADN pour un coronavirus, une méthode qui a été spécifiquement citée dans DEFUSE et d'autres subventions de ce groupe de collaborateurs proposant de fabriquer des coronavirus chimériques à Wuhan.

La méthode d'assemblage spécifique a été publiée par nul autre que l'un des contributeurs de la subvention DEFUSE dans son article fondateur : "Efficient Reverse Genetic Systems for Rapid Genetic Manipulation of Emergent and Preemergent Infectious Coronaviruses". La méthode consiste à regarder le génome viral, à le modifier légèrement avec des mutations silencieuses pour ajouter/supprimer des sites spéciaux de couper/coller ("sites de restriction de type II"), puis d'utiliser les enzymes de couper/coller correspondantes ("enzymes de restriction de type II" ).") pour assembler le clone d'ADN de pleine longueur.

Valentin Bruttel, Tony VanDongen et moi-même avons examiné tous les clones de coronavirus infectieux fabriqués entre 2000 et 2019 en utilisant un assemblage directionnel de type II. Nous avons constaté que 8 clones infectieux sur 10, y compris le seul clone infectieux CoV fabriqué à l'Institut de virologie de Wuhan, utilisaient la méthode d'assemblage directionnel spécifique de type II citée dans la subvention DEFUSE. Nous avons découvert une empreinte digitale de cette méthode particulière d'assemblage viral in vitro : en raison des limites de la bio-ingénierie, les sites de couper/coller que les chercheurs choisissent finissent par être anormalement régulièrement espacés par rapport à l'espacement aléatoire des sites de couper/coller sur undesigned virus.

Le SRAS-CoV-2 a cette empreinte digitale exacte. Dans notre empreinte précédente, nous avons examiné un large éventail d'autres coronavirus et le SRAS-CoV-2 possède la carte de restriction de type II la plus extrême, similaire à un clone infectieux de tous les coronavirus naturels que nous avons testés. Le FCS du SARS-CoV-2 est anormal parmi les sarbecovirus, et la carte de restriction de type II du SARS-CoV-2 est la plus extrême de tous les coronavirus que nous avons analysés.

(A) Cartes de restriction CoV BsaI/BsmBI, avec l'espacement uniforme inhabituel des sites SARS-CoV-2 BsaI/BsmBi en lignes pointillées verticales. (B) Dans le nombre de fragments et la longueur du fragment le plus long, le SRAS-CoV-2 se situe dans la plage idéale du système génétique inverse efficace proposé. (C) La carte BsaI/BsmBI du SRAS-CoV-2 est une anomalie entre les coronavirus de type sauvage et un point médian des coronavirus modifiés

Si jamais il y avait un coronavirus conçu en laboratoire mais non déclaré comme tel, ce serait le SARS-CoV-2. Nous avons calculé une probabilité bien inférieure à 0,07 % d'observer un tel système génétique inverse idéalisé dans un coronavirus sauvage, et avons en outre montré que les mutations spécifiques qui génèrent cette carte de restriction inhabituelle semblent être exactement le type de mutations qui utiliseraient les bio-ingénieurs. . Toutes les mutations qui modifient cette carte de restriction sont les mutations "silencieuses" utilisées par les bioingénieurs, et il existe une concentration significativement plus élevée de mutations silencieuses dans ces sites de restriction que dans le reste du génome viral. À tous points de vue, le SRAS-CoV-2 ressemblait à un clone infectieux d'un système génétique inverse assemblé exactement comme proposé dans la subvention DEFUSE.

Selon la théorie de l'origine zoonotique, la carte de restriction du SRAS-CoV-2 et les mutations exactes que les bio-ingénieurs utilisent pour la fabriquer constituent une autre correspondance indépendante ajoutée à notre déjà très longue liste de correspondances extrêmement improbables. Selon nos estimations, cette coïncidence a une probabilité bien inférieure à 0,07 % de se produire dans la nature . Les partisans de l'origine zoonotique émettent l'hypothèse que la carte de restriction du SRAS-CoV-2 pourrait avoir été causée par une recombinaison et, en fait, nous ne pouvons pas rejeter leur hypothèse avec les données existantes. Cependant, comme pour le SCA, sa théorie nécessite une combinaison de plus en plus improbable d'événements évolutifs en si peu de temps. Avec la carte des contraintes, ils disent maintenant qu'entre 3 et 5 événements de recombinaison supplémentaires doivent s'être produits dans la petite branche du temps évolutif depuis que le SRAS-CoV-2 a divergé de l'ancêtre commun de son parent le plus proche. Ces événements de recombinaison ont produit le tout premier FCS dans un sarbecovirus, produit la carte de restriction la plus sophistiquée de tous les coronavirus, et cet ensemble hautement improbable d'événements évolutifs s'est produit dans un coronavirus qui a émergé à Wuhan, loin du point chaud de la diversité des coronavirus et sans trace géographique d'infections liées au commerce d'animaux.

Selon la théorie de l'origine du laboratoire, la carte de restriction était exactement ce que l'on attendrait d'un coronavirus créé avec la subvention DEFUSE. La méthode sous-jacente de fabrication d'un clone infectieux était pratiquée par très peu de laboratoires dans le monde, et 2 des 4 à 5 laboratoires dans le monde utilisant cette méthode bénéficiaient de la subvention DEFUSE. Cette méthode a été utilisée par le WIV pour fabriquer un coronavirus de chauve-souris recombinant en 2016 et est la méthode proposée pour fabriquer des virus chimériques à la fois dans la subvention DEFUSE et dans la subvention financée par le NIAID. La carte de restriction que nous avons trouvée rendrait l'insertion d'un FCS très facile.

L'ensemble des circonstances

La subvention DEFUSE a proposé de fabriquer des coronavirus de chauve-souris chimériques avec des protéines de pointe recombinantes et un site de clivage Furin, le tout en utilisant une méthode unique d'assemblage de clones infectieux.

Le SRAS-CoV-2 est apparu moins de deux ans plus tard à Wuhan, sous l'apparence d'un coronavirus de chauve-souris chimérique avec une protéine de pointe recombinante et un site de clivage Furin, et la preuve la plus frappante de cette méthode exacte et particulière pour fabriquer des clones infectieux trouvés dans n'importe quel coronavirus. Selon la théorie de l'origine zoonotique, toutes ces anomalies sont fortuites.

En général, les paradigmes scientifiques changent en raison d'un tas d'anomalies sans cesse croissant. Les anomalies qui sont expliquées comme des coïncidences ou qui sont expliquées par des explications de plus en plus artificielles sous l'ancienne théorie ont toutes un sens parcimonieux parfait sous la nouvelle théorie.

On pourrait trouver un corps sur le sol avec une balle en argent et un pistolet et une lettre pour utiliser le pistolet et la balle en argent précisément dans cette pièce, et on pourrait dire "hé, quel tas de coïncidences indépendantes". La lettre n'a pas été financée, donc les intentions n'ont pas été poursuivies. Le pistolet ne fume pas. Les balles en argent sont peut-être rares, mais tout est possible avec l'évolution. L'empreinte digitale est peut-être la plus importante de l'histoire des empreintes digitales, mais les taches d'encre et d'huile peuvent également donner naissance à ce motif par hasard.

Nous serions de piètres enquêteurs si nous négligeions les liens probables entre les preuves sur les lieux. Il est très raisonnable - et, en fait, une excellente recherche - de dériver une théorie soignée qui explique l'ensemble des tests sans s'appuyer sur un tas de coïncidences improbables. Les accidents de laboratoire sont tragiquement courants, tout comme les meurtres, de sorte que le sage détective considérerait sérieusement cette théorie dès le départ.

Alors que la théorie de l'origine zoonotique est basée sur l'explication des tests les plus critiques comme une série d'anomalies, la théorie alternative est que le SRAS-CoV-2 a été conçu en laboratoire. La théorie la plus probable de l'origine du laboratoire est que le SRAS-CoV-2 a été créé exactement comme indiqué dans la subvention DEFUSE et s'est échappé d'un laboratoire à Wuhan, très probablement l'Institut de virologie de Wuhan , et c'était très probablement un accident. J'en déduis qu'il s'agit très probablement d'un accident parce que quelqu'un prêt à commettre un acte de bioterrorisme qui avait la sophistication de concevoir génétiquement des CoV ferait également tout son possible pour brouiller les pistes en utilisant des méthodes d'assemblage alternatives qui ne laissent aucune trace évidente sur les cartes de restriction de clones infectieux. De plus, la carte de restriction que nous avons observée dans le SRAS-CoV-2 semble être très utile pour assembler les coronavirus de chauve-souris dans la lignée entourant le SRAS-CoV-2, et c'était un objectif de recherche commun et relativement innocent avant le COVID.

Cette théorie particulière de l'origine du laboratoire est basée sur les intentions de recherche énoncées dans la subvention DEFUSE. À partir de ce point de départ, il n'est pas nécessaire d'expliquer les caractéristiques saillantes du SRAS-CoV-2 avec des anomalies, mais on peut plutôt les prédire avec raison. On peut facilement expliquer pourquoi le SRAS-CoV-2 est apparu à Wuhan sans une épidémie plus large dans le commerce des animaux. On peut expliquer pourquoi le SRAS-CoV-2 a un FCS spécifique à l'homme, complet avec des codons optimisés pour l'homme, et une carte de restriction de nature anormale mais cohérente avec les clones infectieux produits par les contributeurs de la subvention DEFUSE, spécifiquement cités dans le DEFUSE et Subventions du NIH. C'est ce simple processus déductif avec la totalité des preuves qui m'a amené à changer d'avis, passant d'une croyance écrasante en une origine zoonotique du SRAS-CoV-2 à une croyance écrasante en une origine liée à la recherche.

Image d'archive d'un laboratoire en Chine. EFE/EPA/SHEPHERD HOU

Avec cette théorie à l'esprit, de nombreuses preuves circonstancielles supplémentaires commencent à s'accumuler. Premièrement, un rapport des services de renseignement américains affirme que plusieurs membres de l'Institut de virologie de Wuhan sont tombés malades en novembre 2019 - bien que nous ne connaissions pas la base ou la fiabilité de ces informations, novembre 2019 est exactement le moment où l'on estime que le SARS-CoV -2 est apparu. Deuxièmement, le WIV et EcoHealth ont refusé de partager non seulement leurs bases de données sur les coronavirus qui les disculperaient si une origine naturelle était vraie, mais le président d'EcoHealth et l'un de ses principaux bailleurs de fonds ont arrangé une lettre à The Lancet appelant aux hypothèses d'origine de laboratoire "complot théories" . Le NIH et le NIAID, qui ont utilisé des fonds américains de biodéfense pour soutenir la recherche EcoHealth similaire à celle de DEFUSE, ont également fait preuve d'un manque notable de transparence, rédigeant des communications dans lesquelles des responsables ont délibéré sur les premières origines du SARS-CoV-2 et apparemment Fauci et Collins a mené un effort pour affirmer qu'une origine de laboratoire n'est pas plausible dans l'article Proximate Origin.

Selon la théorie de l'origine zoonotique, ce manque inhabituel de transparence, la non-divulgation des COI et les preuves circonstancielles supplémentaires s'ajoutent à l'énorme pile de coïncidences. Selon la théorie de l'origine du laboratoire, le comportement des chercheurs et des bailleurs de fonds qui les ont financés peut être considéré comme une conscience de culpabilité ou même simplement une peur d'une éventuelle culpabilité sans connaissance explicite . Quelqu'un pourrait tirer une balle en argent en l'air et entendre aux nouvelles qu'une balle en argent est tombée du ciel et a tué quelqu'un - cela seul pourrait déclencher des efforts pour éviter les enquêtes et brouiller les pistes. Ils n'ont pas besoin de savoir avec certitude que c'est leur balle pour craindre une éventuelle responsabilité.

L'ensemble des circonstances entourant l'apparition du SRAS-CoV-2 devrait donner aux autorités une raison probable d'obtenir des informations supplémentaires. Bien qu'un accident de laboratoire ne soit pas malveillant, les accidents qui entraînent des pertes de vies humaines peuvent être considérés comme des homicides . L'homicide involontaire est un crime. Il y a des raisons probables de soupçonner qu'un crime a pu se produire dans un accident de laboratoire qui a conduit à l'émergence du SRAS-CoV-2, un accident qui a tué un million d'Américains et plus de 18 millions de personnes dans le monde dans le COVID-19 pandémie . Il y a des dommages supplémentaires dans les symptômes persistants du « long COVID » et dans les dommages politiques, économiques, éducatifs et autres résultant de la pandémie.

La norme de « totalité des circonstances » pour établir la cause probable est un développement juridique plus récent qui, selon les critiques, assouplit les exigences relatives à la cause probable. Cependant, les tests suggérant une origine de laboratoire du SRAS-CoV-2 répondent même aux critères des normes les plus anciennes et les plus strictes telles que le test d'Aguilar-Spinelli pour la cause probable qui existe toujours dans certains États comme New York. Les informations présentées ici sont fiables. La subvention DEFUSE est nominative. L'apparence de Wuhan est claire. Il n'est pas contesté que le génome original du SRAS-CoV-2 contient le FCS, seulement que cela peut s'être produit par hasard. Il n'est pas contesté que la carte de restriction du SRAS-CoV-2 est caractéristique d'un clone infectieux, seulement que cela s'est peut-être aussi produit par hasard. Les raisons soutenant la conclusion d'une origine de laboratoire à partir de ces informations sont énoncées ici par une source crédible : je suis un chercheur en écologie quantitative et en épidémiologie avec un doctorat de Princeton qui a étudié la propagation des agents pathogènes des chauves-souris aux humains pendant des années avant la pandémie de COVID-19 . Les circonstances sous-jacentes sont également évidentes et faciles à corroborer - l'alliance EcoHealth a proposé d'insérer un FCS dans un clone infectieux, collectait des coronavirus et les envoyait à l'Institut de virologie de Wuhan, a collaboré à la production de coronavirus chimériques de chauve-souris avant COVID et a continué à collaborer après COVID. Les chercheurs en question - et peut-être même certains des responsables des agences qui les ont financés - ont fait obstruction à l'investigation scientifique de leurs recherches en affirmant que l'origine zoonotique était indiscutable, qualifiant les hypothèses sur l'origine en laboratoire de "théories du complot". refusant de divulguer leurs bases de données au monde. Même la subvention DEFUSE n'a pas été divulguée par EcoHealth, mais a été rendue publique après son acquisition par une équipe de chercheurs indépendants. Même en vertu des exigences légales les plus strictes de certains États américains, la preuve d'une origine en laboratoire du SRAS-CoV-2 répond aux normes de cause probable.

Déductions scientifiques et totalité des preuves

Lorsque nous isolons chaque élément de preuve par lui-même, il n'y a rien à déduire car, par définition, la déduction consiste à relier les faits à une théorie plus large. La lettre, la pièce, le pistolet, l'empreinte digitale et la balle sont des coïncidences indépendantes dans l'esprit de quelqu'un qui n'a pas le pouvoir de déduction ou qui craint les résultats évidents de la déduction. Cependant, un enquêteur qualifié déduit un meurtrier non pas en regardant le meurtre lui-même et en voyant un pistolet fumant dans les mains d'un meurtrier, mais souvent par une empreinte digitale, une balle, une arme à feu et une lettre liée à la scène du crime. La subvention DEFUSE est la lettre, les portes fermées et les lèvres scellées de l'Institut de virologie de Wuhan est une arme qui a été réduite au silence, le FCS est la solution miracle proposée dans la lettre, et la carte des restrictions dont nous avons récemment trouvé l'empreinte digitale d'un très petit groupe de bioingénieurs dans le monde.

Oui, tout cela n'est peut-être que d'étranges coïncidences. Une enquête plus approfondie peut ne pas trouver de preuves supplémentaires prouvant une origine de laboratoire au-delà de tout doute raisonnable. Une enquête plus approfondie peut même trouver des données qui réfutent la théorie de l'origine du laboratoire présentée ici. Cependant, nous ne résolvons pas les mystères en traitant chaque élément de preuve comme une coïncidence indépendante, et nous ne faisons pas avancer la science en atomisant en série chaque occurrence anormale qui entre en conflit avec notre chère théorie de l'innocence virologique.

En tant que scientifique, je ne peux pas dire à quel point j'aurais aimé que les scientifiques n'aient pas ouvert la boîte de Pandore. Il m'a fallu beaucoup d'auto-examen et d'autocritique pour remettre en question ma propre croyance chérie dans la théorie d'une origine zoonotique. Alors que les gens disent que toutes les preuves de l'origine des laboratoires sont faibles et que chaque affirmation n'est rien de plus que le reflet de nos croyances antérieures, je suis fortement en désaccord. La totalité des preuves et le processus de déduction décrit ici m'ont convaincu de changer d'avis. En tant que statisticien sur l'article développant l'un de ces tests, j'ai même conçu notre analyse de carte de restriction BsaI/BsmBI dans l'espoir qu'elle rejetterait l'hypothèse d'origine synthétique et apaiserait mon âme scientifique, seulement pour constater que l'hypothèse surpassait une série de tests. .de preuves solides et est passé de l'hypothèse au niveau de la théorie scientifique.

Maintenant, le monde est le jury. Je vous laisse ces déductions dans l'espoir qu'elles puissent fournir aux enquêteurs des informations sur les causes probables pour nous aider à comprendre la cause des plus de 18 millions de décès et des troubles politiques et économiques historiques qui ont résulté de la pandémie . J'encourage l'obtention de plus d'informations, que ces informations corroborent ou réfutent la théorie présentée ici. J'espère que ces déductions pourront inspirer un niveau plus élevé de rigueur scientifique dans notre système d'information et encourager d'autres détectives à examiner de plus près les preuves et les théories existantes, à construire leurs propres hypothèses, à obtenir de nouvelles données, à tester leurs théories les plus appréciées et partager leurs résultats avec le monde.

Toutes les circonstances entourant l'apparition du SRAS-CoV-2 donnent lieu à une origine laboratoire.

Je n'ai plus rien à dire.

L'auteur est titulaire d'un doctorat en biologie quantitative et en biologie computationnelle de l'Université de Princeton.

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