Des microscopes de l’EPFL tentent de percer les mystères d’Omicron

Des super microscopes de l’EPFL à Lausanne tentent de percer les mystères d’Omicron. Leur travail pourrait permettre de comprendre les mécanismes par lesquels ce nouveau variant du coronavirus échappe aux vaccins et aux anticorps. Depuis quelques semaines, Lausanne héberge des microscopes électroniques parmi les plus puissants du monde. Ils sont rassemblés au sein du Dubochet Center for Imaging (DCI), qui regroupe aussi des chercheurs des universités de Lausanne (UNIL) et de Genève (UNIGE). «Nous avons établi, en collaboration avec le groupe du virologue Didier Trono et celui de la spécialiste des protéines Florence Pojer, une image précise de la structure de la protéine Spike du variant Omicron du SARS-CoV-2», soit à l’échelle de l’atome, explique Henning Stahlberg, qui a installé le DCI sur le campus lausannois de l’Ecole polytechnique fédérale (EPF). Le Centre Dubochet, du nom du prix Nobel de chimie 2017, a déjà réalisé il y a quelques semaines l’image la plus précise à ce jour – avec une résolution de 2Å, qui permet de voir individuellement les atomes – de la protéine Spike du virus original. «Nous pouvons observer avec précision quelles modifications dues à Omicron peuvent expliquer que ce variant échappe totalement au vaccin d’AstraZeneca, et partiellement à celui de Pfizer», précise Henning Stahlberg. Grâce aux images de microscopie électronique à haute résolution, les scientifiques peuvent améliorer leur compréhension de la manière dont la protéine Spike modifiée se lie aux récepteurs cellulaires ACE2, ce qui permet au virus de pénétrer dans les cellules humaines. Ces connaissances pourraient se révéler de précieux alliés dans la lutte contre la pandémie de Covid-19 et ouvrir la voie à de nouvelles approches thérapeutiques, relève l’EPFL. «Obtenir la structure de la Spike d’Omicron moins d’un mois après que ce variant a été identifié, c’est comme atterrir sur une planète dans les semaines suivant sa première observation au télescope», illustre Didier Trono. «Le potentiel de cette technologie est tout simplement extraordinaire», souligne-t-il. L’EPFL précise néanmoins que ces premiers résultats n’ont pas encore été revus par des pairs. Ils ont été mis à disposition sur un site open source (bioRxiv.org). Les scientifiques du monde entier peuvent désormais s’en emparer pour mener des recherches sur les interactions du nouveau variant avec les diverses molécules thérapeutiques existantes.